為學術討論、展覽和科學出版物提供的顯微照片中，有80％ 至90％ 被錯誤更正，而且其標本的照明質量很差，這種情況并不罕見。主要原因是光源調節不好，使標本得不到足夠的光照。熟練和認真的操作員不僅能熟練地糾正，而且能夠練習標本上的差異和金相顯微鏡的差異。
金相顯微鏡透鏡的缺點是：鏡頭霧化，霉變，損壞，脫膠，表面涂層損壞或丟失。
1.霧是指透鏡表面有一層水霧型、油裂型、水基型和油水混合型三種類型。或者因為氣體溫度的急劇變化，它形成于鏡片表面，凝結成微小的液滴。霧場是鏡頭發霉或起動的現象，它變得模糊不清，分辨率降低。它們的形成與光學玻璃制造、化學穩定性、環境條件的使用和維護等諸多因素有關。使用后立即將鏡頭放置在烘干機中并密封光學系統。
2.為了改善光學零件表面的化學性質，涂覆了不同性質的薄膜。平時保養擦拭鏡片時，如果布不干凈，很容易劃傷涂層。
3.光路臟或長霉：可導致金相顯微鏡觀察效果明顯下降，具體分析研究可通過拔下向鏡筒里的目鏡來觀察，如光路有長霉或大塊的污物，可被清晰的觀察到，同時也可以選擇通過轉動各個光學部件來準確判斷污物和霉斑的位置，如光路只是由于工作時間的關系積塵太多，也可以看到光路不夠透亮。
