1、圖像質量不盡人意的原因
圖像質量未能令人滿意，原因眾多。如果你能夠排除照明不均勻或光闌設置不正確等錯誤的顯微鏡設置，接下來便是檢查樣品。如果樣品沒問題，檢查樣品載玻片和蓋玻片，必要時予以清潔。如果你仍然無法查明質量降低的原因，而且所用的浸鏡油正確無誤，那么問題可能是顯微鏡本身存在污染物。
2、用戶可以使用的組件
顯微鏡的一些組件，如濾色塊和內部光學元件，應由生產商的專家負責清潔，用戶切勿碰觸。其他容易變臟的組件可由用戶小心清潔，這些組件包括：
物鏡前透鏡
保護相機傳感器的玻璃罩，可能還有傳感器自身表面
聚光透鏡
目鏡透鏡
所有其他可以自由接觸的玻璃表面
3、定位污染物
首先，你應該準確找出污染物的準確位置。相機上的污垢容易辨認，因為旋轉或移動相機時，圖像中污垢的位置不改變。如果它的位置的確改變，那么污垢則位于其他部位。你也可以通過稍微轉動物鏡對其進行檢查。檢查顯微鏡的其他部件時，好是正確地觀察它們。若條件允許，例如檢查目鏡時，我們建議在明亮均勻的背景前手持透鏡進行觀察。如果污染物隨組件移動而移動，一般可以認為它位于該組件上。
4、清除污染物
污染物種類繁多。松動或非性污垢包括灰塵、皮膚碎屑或載玻片、蓋玻片破碎時的玻璃碎片，等等。頑固污垢一般分為水溶性和溶劑可溶性類別。然而，在實踐中，它通常是兩者的混合物。
清潔顯微鏡的目的，當然是為了恢復好的圖像品質。因此，需要清除光學元件上的所有雜質，當然，不能損壞這些元件。問題是，清除特定類型污染物的途徑是什么？一般情況下，首先，找出污垢并仔細檢查。如果是污染較重，應當先清除松動的污垢，接著清除水溶性污垢，后輪到只能用溶劑清除的污垢。
5、用壓縮空氣清除浮塵，用清洗液清除固體污物
如果顯微鏡光學元件上只有浮塵，好是用壓縮空氣將其清除。這種方法特別溫和，可防止光學元件損壞。一般而言，小的鏡頭吹氣球足以產生所需的氣流。當清除頑固污垢時，切勿使用產生摩擦的材料，如紙或超細纖維布，因為它們會損壞透鏡表面，產生劃痕。除了這點，切勿在頑固污垢干燥的情況下將其清除。另一個需要記住的關鍵點是，只可用純溶劑、蒸餾水和潔凈的工具。始終使用清洗液和合格的醫用棉簽或棉墊，以確保它們足夠清潔，而且不含有任何雜質。應避免使用含銨溶劑。它們會損害顯微鏡光學元件的抗反射涂層，并造成性損壞。也不可以使用丙酮清潔，因為它會損害顯微鏡的塑料組件。
清除水溶性污垢有一種非常簡單又溫和的方法，好首先予以采納。向污染物吹氣，氣息中的水蒸氣可用于清潔。然后用脫脂棉從污垢中心向外打圈以擦拭污垢。這是更有效的污垢清除方法，可避免其在透鏡上擴散。
