光學(xué)顯微鏡與電子顯微鏡有很大區(qū)別，光源不同、透鏡不同、成像原理不同， 分辨率不同、景深不同、制備樣本方式不同。光學(xué)顯微鏡俗稱光鏡，是一種以可見(jiàn)光為照明光源的顯微鏡。光學(xué)顯微鏡是利用光學(xué)原理，把人眼所不能分辨的微小的物體放大成像，以供人們提取微細(xì)結(jié)構(gòu)信息的光學(xué)儀器。在細(xì)胞生物學(xué)應(yīng)用十分廣泛。光學(xué)顯微鏡一般由載物臺(tái)、聚光照明系統(tǒng)、物鏡，目鏡和調(diào)焦機(jī)構(gòu)組成。載物臺(tái)用于承放被觀察的物體。利用調(diào)焦旋鈕可以驅(qū)動(dòng)調(diào)焦機(jī)構(gòu)，使載物臺(tái)粗調(diào)或者微調(diào)運(yùn)動(dòng)，便于被觀察物體成像清晰。光學(xué)顯微鏡所成的像為倒像（上下倒立、左右互換）電子顯微鏡是高端技術(shù)產(chǎn)品的誕生物，與我們平時(shí)用的光學(xué)顯微鏡有相似的地方，但又與光學(xué)顯微鏡有極大的不同。首先，光學(xué)顯微鏡是利用光源。而電鏡利用的是電子束，并且兩者可看到的結(jié)果有所差別，單且說(shuō)放大倍數(shù)的不同，比如觀察一個(gè)細(xì)胞，光鏡只能看到細(xì)胞和部分細(xì)胞器，像線粒體和葉綠體，但是只能看到其細(xì)胞的存在，看不到細(xì)胞器的具體結(jié)構(gòu)。而電子顯微鏡可以更詳細(xì)的看到細(xì)胞器的精細(xì)結(jié)構(gòu)，甚至可以看到像蛋白質(zhì)這樣的大分子。電子顯微鏡包括透射式電子顯微鏡、掃描式電子顯微鏡、反射式電子顯微鏡和發(fā)射式電子顯微鏡等。其中掃描電鏡應(yīng)用更為廣泛。掃描電子顯微鏡在材料的分析和研究方面應(yīng)用十分廣泛,主要應(yīng)用于材料斷口分析、微區(qū)成分分析、各種鍍膜表面形貌分析、層厚測(cè)量和顯微組織形貌及納米材料分析也能與 X 射線衍射儀或電子能譜儀相結(jié)合，構(gòu)成電子微探針，用于物質(zhì)成分分析等。掃描電鏡（Scanning Electron Microscope）簡(jiǎn)寫(xiě)為 SEC,是一種新型的電子光學(xué)儀器。由真空系統(tǒng)，電子束系統(tǒng)以及成像系統(tǒng)三大部分組成。它是利用細(xì)聚焦電子束在樣品表面掃描時(shí)激發(fā)出來(lái)的各種物理信號(hào)來(lái)調(diào)制成像的。入射的電子導(dǎo)致樣品表面被激發(fā)出次級(jí)電子。顯微鏡觀察的就是這些每個(gè)點(diǎn)散射出來(lái)的電子，放在樣品旁的閃爍晶體接收這些次級(jí)電子，通過(guò)放大后調(diào)制顯像管的電子束強(qiáng)度，改變顯像管熒屏上的亮度。顯像管的偏轉(zhuǎn)線圈與樣品表面的電子束保持同步掃描，這樣顯像管的熒光屏就顯示出樣品表面的形貌圖像。它具有制樣簡(jiǎn)單、放大倍數(shù)可調(diào)、范圍寬、圖像的分辨率高、景深大等特點(diǎn)。透射電子電子顯微鏡應(yīng)用表現(xiàn)：1、晶體缺陷分析。一切破壞正常點(diǎn)陣周期的結(jié)構(gòu)統(tǒng)稱為晶體缺陷，如空位、位錯(cuò)、晶界、析出 
物等。這些破壞點(diǎn)陣周期性的結(jié)構(gòu)都將導(dǎo)致其所在區(qū)域的衍射條件發(fā)生變化，使得缺陷所在區(qū)域的衍射條件不同于正常區(qū)域的衍射條件，從而在熒光屏上顯示出相應(yīng)的明暗程度差別。2、組織分析。除了各種缺陷可以產(chǎn)生不同的衍射花紋，通過(guò)它們可以在觀察組織形貌的同時(shí)進(jìn)行晶體的結(jié)構(gòu)和取向分析。3、原位觀察。利用相應(yīng)的樣品臺(tái)，可以在透射電鏡中進(jìn)行原位實(shí)驗(yàn)。如，利用應(yīng)變拉伸樣品觀察其形變和斷裂過(guò)程。4、高分辨顯微技術(shù)。提高分辨率以便更能深入觀察物質(zhì)的微觀結(jié)構(gòu)一直是人們不斷追求的目標(biāo)。高分辨率電子顯微鏡利用的是電子束相位的變化，由兩束以上的電子束相干成像，在電子顯微鏡分辨率足夠高的條件下，所用的電子束越多，圖像的分辨率越高，甚至可以用于薄樣品原子結(jié)構(gòu)成像。
